Mikä aiheuttaa ruokaintoleranssin?

Kysymykseen ei ole yksinkertaista vastausta. Syyt vaihtelevat ainesosasta toiseen. Mahdollisia syitä ovat joidenkin entsyymien puute (entsyymejä tarvitaan elimistössä spesifisiin kemiallisiin reaktioihin), perimä, stressi tai sairaus, heikentynyt immuunijärjestelmä, ympäristön saastuminen tai monipuolisen ravinnon puute.